При использовании гидроэнергоресурсов, как, например, в Южно-Таджикском ТПК, можно считать, что производится «чистая» энергия, не сопровождаемая вредными выбросами. Если ТПК базируется на тепловых станциях (в большинстве случаев), то приходится решать задачи охраны окружающей среды от вредного воздействия пылегазовых выбросов, золошлаковых отходов, сточных вод и тепловых сбросов. Влияние АЭС на окружающую среду минимально благодаря разработке и строгому соблюдению специальных мер радиационной безопасности.

Сложность размещения ТЭС в границах ТПК связана с тем, что при выносе электростанции далеко за черту населенных пунктов уменьшается вредное воздействие двуокиси серы и окислов азота непосредственно на население, однако увеличиваются затраты на сооружение транзитных теплосетей. При большой удаленности или недостаточной мощности ТЭС приходится развивать сеть мелких котельных, на которых экономически нерентабельно устанавливать газоочистное оборудование. Установки по очистке от сернистого ангидрида, как правило, пока не эксплуатируются на тепловых электростанциях, так как находятся в стадии опытно-промышленной и промышленной проверки.